1、體長區别。鯉魚體稍大,一般體長30-40厘米,左右兩側扁,腹部圓,背部在背鳍前稍隆起,口呈馬蹄形,有吻須和颌須各1對,後者比前者長一倍,鰓把短,有咽頭齒。而鲫魚一般體長15-20厘米,體側扁,背部隆起,高而寬,腹部圓,頭短而小,吻圓鈍,沒有吻須和颌須,鰓耙細密,有咽頭齒,鱗片大,有十分明顯的側線。
2、魚鳍區别。鯉魚的鱗片大而圓,有胸鳍、腹鳍各一對,背鳍、臂鳍各1個,尾鳍叉形,背鳍、臂鳍均有硬刺,最後一刺的後緣有鉛齒。同鯉魚一樣,鲫魚也有一對胸鳍和一對腹鳍,一個背鳍和一個臂鳍,尾鳍叉形,背鳍和臂鳍也有硬刺,最後一刺的後緣有鋸齒。
3、體色區别。鯉魚體背面為灰黑色,側線下方近青黃色(有的是黑色),腹面為白色,背鳍微黑。而鲫魚的背面是青褐色,腹面為銀灰色,各鳍條均為灰白色,但因生長的水域不同,其體色也有差異。
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