1、監督主體不同。在黨和國家監督體系語境下的審計監督主體主要是指各級國家審計機關，包括審計署、省審計廳、市審計局和縣審計局等四級審計機關。而黨内監督主體主要包括以下四種：黨的中央組織、黨委（黨組）、黨的紀律檢查委員會、黨的基層黨組織和黨員。其中，黨的各級紀律檢查委員會是黨内監督的專責機關，履行監督執紀問責職責。
2、監督對象有交叉。黨内監督的對象包括黨的各級組織和全體黨員，重點對象是黨的領導機關和領導幹部特别是主要領導幹部。而審計監督對象主要包括國家機關、人民團體、國家的事業組織、國有和國有資本占控股地位或者主導地位的企業（含金融機構），其他管理、分配和使用公共資金、國有資産、國有資源的單位，以及其主要負責人。其中“主要負責人”是指黨政主要領導幹部和國有企事業單位主要領導人員，這與黨内監督的重點對象“主要領導幹部”存在一定的交叉。
3、監督内容不同。根據《中國共産黨黨内監督條例》第5條規定，黨内監督的内容主要是：(1)遵守黨章黨規，堅定理想信念，踐行黨的宗旨，模範遵守憲法法律情況；(2)維護黨中央集中統一領導，牢固樹立政治意識、大局意識、核心意識、看齊意識，貫徹落實黨的理論和路線方針政策，确保全黨令行禁止情況；(3)堅持民主集中制，嚴肅黨内政治生活，貫徹黨員個人服從黨的組織，少數服從多數，下級組織服從上級組織，全黨各個組織和全體黨員服從黨的全國代表大會和中央委員會原則情況；(4)落實全面從嚴治黨責任，嚴明黨的紀律特别是政治紀律和政治規矩，推進黨風廉政建設和反腐敗工作情況；(5)落實中央八項規定精神，加強作風建設，密切聯系群衆，鞏固黨的執政基礎情況；(6)堅持黨的幹部标準，樹立正确選人用人導向，執行幹部選拔任用工作規定情況；(7)廉潔自律、秉公用權情況；(8)完成黨中央和上級黨組織部署的任務情況。而審計監督内容主要包括“公共資金是否得到合理使用、國有資産投資運營是否得到增值保值、國有資源是否得到有效配置”以及“主要負責人履行經濟責任、自然資源資産管理和生态環境保護責任情況”等。由此也可以看出，由于監督對象的不同，導緻監督内容也存在着較大的區别。
4、監督方式不同。根據《中國共産黨黨内監督條例》的規定，黨内監督方式主要包括執紀審查、巡視巡察、黨内談話、領導幹部述責述廉、個人有關事項報告、插手幹預重大事項記錄等多種監督形式。根據審計法的規定，審計方式主要包括審查會。
5、審計監督體系中,處于主導地位。
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