第四次忍界大戰中,之後的修煉中,兜完全掌控了與大蛇丸相同的力量,身軀似乎已經和蛇的形态産生融合,以至于外貌像大蛇丸。他在泷隐村殺人取屍體後和帶土對峙時,自稱已經超越二代火影和大蛇丸,将宇智波鼬、蠍、迪達拉、角都和長門穢土轉生,并且以提供帶土目前缺乏的戰力來換取佐助交涉條件,對帶土提議攜手合作。帶土本來因他以佐助為目标而想拒絕他。但兜在黑絕的幫助下找到了宇智波斑的屍體并穢土轉生,最後帶土被迫同意。交換條件是戰争結果出爐前不能與佐助碰面,以及必須接受帶土的監視。由于兜對轉生者的束縛力不夠,于是綁架前來偵查的禦手洗紅豆,并吸收她身上咒印的大蛇丸查克拉以強化控制力。
其後,藥師兜與宇智波佐助及用别天神擺脫穢土轉生的宇智波鼬交戰,兜在交戰後被伊邪那美擊敗後,被宇智波鼬用幻術控制解除穢土轉生,除了宇智波斑之外,所有被穢土轉生的靈魂都已解除穢土轉生,但是宇智波斑知道如何脫離穢土轉生的控制,在穢土轉生即将解除之際,終止了與轉生者之間的通靈契約,才得以繼續留在戰場,随後以解邪法印重生的大蛇丸解除了兜的仙人模式,取回自己的查克拉後與鷹小隊同行。
兜最終重拾自我,終于脫離了鼬的伊邪那美,以仙人模式狀态出現在戰場,在二代火影的幫助下,用醫療忍術搶救佐助,讓佐助能夠再戰宇智波斑。
由于兜已醒悟,并且曾在第四次忍界大戰中搶救佐助,間接帶來忍界大戰的勝利,所以不用再被列入叛忍名單中。兜與兒時的夥伴烏魯西一同在木葉開設了孤兒院,并擔任院長,重興當年養母的舊業。鳴人等人返回木葉後,将帶回的一衆克隆人“宇智波信”托付給了兜。
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