益生菌即對人體健康有益的活的微生物，對于維持腸道内微生态的平衡，有不可替代的作用，可以直接補充腸道正常菌群，在腸道内大量繁殖，形成保護膜，從而抑制緻病菌生長繁殖，并可刺激人體腸道分泌免疫因子，提高人體的免疫力，在代謝過程中生成短鍊脂肪酸，促進腸道蠕動，還可提高腸道内的滲透壓，保持腸道水分，促進營養物質的消化和吸收。
目前，益生菌在臨床上被廣泛地用于治療便秘、腸易激綜合征、嬰幼兒濕疹、腸絞痛和乳糖不耐受等病症，甚至有人用益生菌來提高免疫力，這是不恰當的，現有的研究表明，益生菌對上述疾病治療的有效性缺乏證據，使用再多再久的益生菌也是無效的。益生菌隻對兩種病症可能有效，一種是病毒感染性腹瀉，如輪狀病毒、諾如病毒感染所緻腹瀉，另一種是抗生素引起的腹瀉，即抗生素破壞腸道菌群平衡，使緻病菌大量繁殖而引起的腹瀉，益生菌可有效緩解腹瀉症狀，縮短腹瀉時間。
雖然益生菌是人體腸道内的正常菌群，但并非絕對安全，長期服用也可能會導緻副作用，甚至嚴重副作用，一些特殊人群，如免疫功能不成熟的早産兒、免疫低下或免疫受損的人群服用益生菌可明顯增加菌血症和腦膜炎的風險，再如一些腹瀉病或腸道炎症性疾病患者腸道黏膜屏障功能遭到破壞，服用益生菌可能會引起細菌移位和繼發性菌血症，還有一些服用廣譜抗生素的人群使用益生菌可引起菌血症、敗血症、膿毒血症等嚴重全身性感染，這是因為廣譜抗生素會同時殺滅腸道内的有益菌和有害菌，誘發腸道菌群紊亂，益生菌在腸道中過度繁殖所緻。因此，鑒于上述原因，不推薦健康人長期服用益生菌。
合生元是益生菌和益生元組成的混合制劑，益生元是一種不能被人體消化的食物成分，主要包括低聚果糖、低聚半乳糖、低聚木糖、異麥芽低聚糖等低聚糖類，一方面，益生元可促進益生菌的生長繁殖，調節腸道菌群平衡，是益生菌的“食物”，另一方面，益生元不能被人體腸道消化吸收，可改變腸道滲透壓，使腸道形成高滲環境，吸收腸道水分，增加大便體積，有助于改善便秘，因此，長期便秘的人群可以适當的補充合生元，改善便秘。
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