上海交通大學醫學院有基礎醫學院、臨床醫學院、口腔醫學院、護理學院、公共衛生學院、檢驗系、營養系等17個二級學院(系),7所綜合性附屬醫院和5所專科性附屬醫院,15所教學醫院或中心。有臨床醫學八年制和口腔醫學七年制兩個長學制專業,有臨床醫學、預防醫學、口腔醫學、醫學檢驗、護理學、營養學等本科專業。其中臨床醫學專業、口腔醫學專業、醫學檢驗和護理學專業為教育部特色專業。教育部學位與研究生教育發展中心公布的《學位學科評估高校排名結果》,該學院臨床醫學和口腔醫學專業分别排名第一、二位。
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