事業單位使用的事業編制，按财政供養類型，分為全額事業編制、差額事業編制、自收自支事業編制。全額事業編制适用于基礎教育、公益服務等沒有收入來源，承擔基礎服務和公益服務、行政輔助支持類事業單位，這類編制類型也是事業編制使用發展的方向。事業單位剝離其承擔的生産經營職能，實行管辦分離、事企分開之後，不再設立承擔生産經營職能的事業單位。沒有了收入來源，單位經費、個人工資福利等全部由地方财政統一供給，事業單位工作人員也全部使用全額事業編制。
差額事業單位，主要是指基礎衛生醫療、基礎科研、行政事業性收費、中介等部分承擔收費或生産經營職能的事業單位。這類事業單位中，除鄉鎮衛生院由于其承擔的農民、居民合作醫療服務工作，屬于保留和加強的對象，同時因其具備一定的生産經營職能，也不适合全部由财政全額供給，因此會繼續保留差額供給外，其他的差額事業單位，都存在剝離收費或者生産經營、中介服務職能，改制為企業，推向市場，自由競争。高校、縣級以上公立醫院明确取消編制，僅保留事業單位屬性，根據實際情況定崗定編，報同級機構編制部門備案，實行編制備案制管理，增強專業技術人員的流動性的競争力。科研院所、各類職校、繼續教育等參照改革。除高校、縣級以上公立醫院外，差額事業單位剝離收費和生産經營職能後，正式職工分流到其他事業單位，使用全額事業編制；合同制管理人員随企改制，或者按照《勞動合同法》規定領取經濟補償後，自主擇業、創業。
全額、差額都是《機構編制管理條例》統一規定的事業編制類型。基于财政供給還有一種事業編制分類類型，即自收自支事業編制，是地方政府根據實際需要，由同級機構編制部門自行核定的事業編制類型，由上級機構編制部門備案，由地方政府統一管理，地方财政統一供給。編制管理規範後，編制部門要求統一清理取消地方自定事業編制，包括自收自支類、自定自籌類事業編制。《機構編制法》出台後，不允許地方政府擅自設置、使用編制類型。因此，自收自支事業編制是撤銷的對象，自收自支類事業機構也會随着生産經營職能改企，徹底推向市場和社會，不再存在于體制管轄範圍内。原來的自收自支人員中，由組織人事部門委派的管理人員，分流到其他事業單位任職，退役軍人有可能實行二次安置，其他合同制管理人員随企改制，或者推向社會，自主擇業。
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