說起“轉基因”，人類已經使用“人工選擇”通過對植物、家畜及寵物等物種的育種進行幹預影響其基因達數千年之久。人工選擇即育種時保留有所需理想性狀的生物并培育繁殖，使某些特征可以持續的表現出來，表面結果可能是飽滿的玉米、高産奶牛或無籽水果，深層原因則是生物的基因發生了變化。

然而，人工選擇的方法是通過人為環境影響代替自然變異，并不能任意修改生物體的DNA，後者則是轉基因真正幹預的地方，假使人類對基因工程了如指掌，創造一種高産、健康、美味、營養豐富的作物或家畜便如同程序員編寫代碼一般簡單。正如同代碼在運行前存在未預料到的錯誤，人類目前對基因工程的了解也隻能形容為入門階段，相對來說，轉基因像一種“魔法”，也像“潘多拉魔盒”。

此外，基因工程是人類科學上的重大研究，在未經長期安全性驗證的情況下，如抗蟲抗病的轉基因食品對人類遺傳方面是否存在影響，對生殖及其他人體機理是否存在影響存疑的情況下确實應暫緩推向市場。另一方面，轉基因物種對生态的影響更加明顯，轉基因作物往往生長周期更短、繁殖更快、環境适應性更強，易造成類同“生物入侵”的現象緻使生态失衡，或緻使農民拒絕生産當地缺乏競争力的相關作物，這也是歐盟隻允進口不許引進的原因之一。

目前，許多專家學者對增加産量、提高品質方面的轉基因行為持贊同态度，但對抗蟲害等轉基因行為保持觀望，因為後者往往來自一種毒蛋白基因，成熟植株會合成微量毒蛋白，達成殺蟲的目的。而要達到這一效果，植株的可食用部分或将達到使用傳統農藥後表面殘留濃度，無法通過清洗去除毒蛋白。因此，此類轉基因作物，即使不直接食用也會通過食物鍊累積進入人類食譜。但同樣有專家表示，生物殺蟲機理與化學機理不同，往往“一把鑰匙開一把鎖”，如抗蟲性來源于微生物的Bt蛋白，人類體内沒有Bt蛋白的受體，則該蛋白對人類無害。

過敏原“傳播”是人們對轉基因食品的另一疑慮，人們擔心存在于少量食物中的引發過敏反應的蛋白質，在基因工程中因為“生存優勢”或“意外”大量出現在轉基因食品中。根據《新英格蘭醫學雜志》報道，90年代中期，研究人員對含有巴西堅果蛋白質基因的轉基因大豆進行了實驗，證明可以引起巴西堅果過敏患者的過敏反應，這種大豆也因此未能進入市場。

疾病控制預防中心數據顯示，食物過敏每年都在增加，但哈佛大學的一項研究發現，沒有證據表明轉基因食品比非轉基因食品更易引發過敏反應。此外，根據聯合國糧農組織和世界衛生組織此後制定的轉基因食品協議，任何一種轉基因食品都需經過過敏反應力測試，而梅奧醫學中心的數據顯示，目前流通于市場的轉基因食品都不含已發現的過敏原。

不同轉基因生物，包括以不同方式插入不同的基因，産生的結果和潛在影響可能都不同，對于轉基因食品的安全性要具體分析評估，無法就所有轉基因食品的安全性統一判斷。因此，目前科學界的看法也并不一緻，人們可以根據自身需要選擇食用。需要指出的是，在國際市場上銷售的轉基因食品均通過了安全評估，且經大衆消費使用較長時間，存在健康風險的可能性較低。

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