蓬溪地處四川中部的嘉陵江與涪江之間的丘陵區，境内水系發達，溪河較多，源短水急。

水系呈平行狀，格網狀和樹枝狀，東南部蓬南鎮境内的中和河、東保河和黃泥鄉境内部分溪河流入嘉陵江屬嘉陵江水系，其餘鎮鄉河流流入涪江，屬涪江水系。

涪江于射洪縣青堤南渡至天福鎮打漁灣入蓬溪縣境，至碾槽壩折而南流，經紅江鎮轉入大英、船山境，在船山區唐家鄉傘峰村與蓬溪河彙流，經遂甯市城區至大石頭複入蓬溪縣金橋、荷葉等鄉于荷葉鄉定水寺出縣界入船山和潼南境内。

蓬溪縣溪河共有 198 條，長 964.8 公裡。其中 10 公裡以上的 15 條。河網密度 0.77 公裡/平方公裡。縣内流入涪江的幹、支流 172 條，長 860.1 公裡，占全縣河長的 89%。

芝溪河有二源，一源起于南充嘉陵區裡壩鄉“上西高原”，經蓬溪新會鎮嶽皇觀村入境。一源起于金山寺山麓，經騾子堰至田家壩村二源合流，經赤城鎮、明月、吉祥等鎮鄉，于船山區唐家鄉傘峰村入涪江，全長 106 公裡，境内長 56公裡，流域面積 719 平方公裡，縣内占 675 平方公裡。芝溪河北岸支流多而長，南岸支流少而短，多為由北向南流，與幹流構成平行狀水系，其主要支流有 8 條，分别為北新溪、洗芝溪、馬桑溪、馬堵溪、金帶河、牛家河、王家河、利國溪、小潼溪。

芝溪河流域示意圖

荷葉溪，源于牛王村，由北向南經高升、任隆等鄉鎮至荷葉鄉荷葉村入涪江，幹流長 41 公裡。冬春多為幹河。支流與幹流呈樹枝狀水系，主要支流有東新溪、金龍溪。

東保河，源于蓬南鎮孔屏咀村，由西南向東北入南充境，注入吉安河，流入嘉陵江，幹流長 19 公裡，流域面積 76 平方公裡，縣内占 69 平方公裡。

中和溪，源于重慶潼南區寶龍鎮，由南向東北流經群利鎮，于蓬南鎮鳳翔村入武勝縣境，注入吉安河。幹流長 9 公裡，流域面積 54 平方公裡，縣内占 42 平方公裡。

天福溪，源于射洪縣古佛鄉，由北向南經天福、紅江鎮于馬家岩村入涪江，幹流長 10 公裡，流域面積 36 平方公裡，縣内占 27 平方公裡。

先甯溪，源于先甯鄉先林村（現屬于天福鎮），由北向南經紅江鎮順江村入涪江，幹流長 15公裡，流域面積 26 平方公裡。

倒流溪，一源于任隆鎮會雲村，一源于船山區常林鄉，兩溪至金橋鄉翰林村合流，由北而南入涪江，幹流長 15 公裡，流域面積 46 平方公裡，縣境内占 30平方公裡。

定水溪，源于三鳳鎮梨樹村，由東北向西南流，至荷葉定水村入涪江，幹流長 13公裡，流域面積 33 平方公裡。

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