有孔蟲(Rhizaria) 進化枝包括所有微型原生生物中最漂亮的兩個類群——放射蟲和有孔蟲。

這兩個類群有由礦物質形成的既獨特又複雜的外殼，這使它們成為微生物家族裡非常獨特的成員。一些有孔蟲在進化過程中留下了豐富的化石記錄。有孔蟲攝取海洋表面含量非常豐富的礦物質——矽，形成玻璃狀透明外殼。它們身體上輻射出穿過外殼的長僞足，像太陽發出的射線。僞足之間又布滿了矽硬化的骨針。放射蟲利用僞足捕食，有些寄生在熱帶海藻上的放射蟲，還可利用僞足從進行光合作用的藻類體内獲取糖類物質。對矽的依賴性使放射蟲必須生活在海洋中。然而，它們的同類——絲足蟲，包括一些變形蟲，也可以利用泥土和淡水中的矽生存。絲足蟲保留了放射蟲典型的長僞足，有無殼或者具殼的形态，一些放射蟲還具有鞭毛，鞭毛的有無與環境有關。有孔蟲或有孔蟲目在海洋中已經繁盛了數億年，其鈣化的外殼沉積在海底，形成了地殼的白垩沉積層。由于外殼極具特征，即使變成了化石，地質學家也可以利用它們來探測礦藏和油田。有孔蟲活着時，它外殼上會寄生一隻小變形蟲。與有孔蟲一樣，這隻變形蟲也利用僞足捕食，有些有孔蟲大到可以捕食動物的幼蟲。

晶格狀放射蟲——100μm

放射蟲屬的這些浮遊生物屬于泡沫蟲目，它們中的大部分含有晶格狀矽外殼。星狀放射蟲——星石蟲——350μm

星狀放射蟲的結構特征是放射狀的骨針融合在星狀的軀幹上。四角方形海綿星蟲——150-302μm

四角方形海綿星蟲是地質學家利用其現存的化石，研究地質年代的放射蟲之一，它的拉丁名所代表的含義是“四角”。球形放射蟲——水泡蟲屬——6mm

球形放射蟲的細胞表面具有進行光合作用的組織，這些組織位于由細長的僞足形成的網狀結構中。四房面包蟲——110μm

四房面包蟲是現存的一種遠古化石系生物的代表，這種放射蟲因具有雙外殼而得名，有時外殼上具有半球狀或錐狀的帽形結構。太陽放射蟲——太陽盤蟲屬——119-191μm

太陽放射蟲是一種浮遊生物，從矽外殼的許多孔中伸出僞足來捕食。多刺放射蟲——多刺石蜂蟲——70-120μm

多刺放射蟲是放射蟲中随氣候變化最大的生物，這使得它們成為一種對于研究地質化石和沉積岩非常有用的指示生物。秀美殼蟲——200-289μm

三足放射蟲具有一層多刺外殼。它們僵直的僞足從殼面上的孔洞中伸出。色素體原變形蟲——20-32μm

這種淡水具殼變形蟲體内含有藍細菌内共生菌。該藍細菌能進行光合作用，為宿主提供養料。曳鞭毛蟲——6-7μm

這種生物利用它們的鞭毛運動，捕食細菌和同屬的其他生物。華麗孔錐蟲——60-90μm

華麗孔錐蟲生命中的大部分時間以變形蟲的形式存在，被具孔有機被囊或胸甲所包裹。黃色絲足蟲——45-77μm

這種具殼變形蟲生長在泥炭藓濕地。它們的化石被用來推測過去氣候變化。長尾滴蟲——18-36μm

長尾滴蟲利用它們位于身體前端及後端的兩根鞭毛運動。鱗狀絲足蟲——40-150μm

這種變形蟲的橢圓形外殼由矽鱗片構成，很容易形成化石，是古生物學家研究的對象星狀絲足蟲——14μm

與其他許多絲足蟲不同的是，星狀絲足蟲具葉綠體，能通過光合作用獲取養料。橢圓形絲足蟲——35-102μm

橢圓形絲足蟲的外殼一端有孔，形成一個出入口。壇狀曲頸蟲——60-200μm

這種生物具有淺色或黃色外殼，外殼由盤狀鱗片組成。綠蜘藻——20μm

這種生物具有獨特的細胞器，該細胞器由它們早期進化過程中吞噬的綠藻演變而來。球形網狀絲足蟲——38mm

巨型絲足蟲生活在海水與海底沉積物的分界面，以有機碎屑為食。棕色囊球蟲——35-50μm

這種有孔蟲的外表像發光的太陽，細胞壁外形成了一層由砂粒及其他顆粒形成的保護層。

放射蟲和有孔蟲的僞足能相互纏繞在一起，在細胞周圍形成網狀結構。這一事實表明它們也許是由相同的祖先進化而來。但是這種網狀結構也可能是由獨立的兩個類群分别進化而來，或許是因為它們都是大的單細胞生物。

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