男性是由性染色體XY決定的，Y染色體攜帶有決定向男性分化發育的遺傳基因，它在胚胎向男性分化過程中起着關鍵性作用，即決定了一個人的遺傳性别是男性。男性生殖系統的胚胎分化發育過程大緻可分為三個時期。

　　第一個時期從懷孕至第7周，男女胎兒隻有性染色體的差異，沒有生殖器官及性腺上的區别。一般從懷孕後第6周開始，胎兒出現原始性腺、原始生殖管道（苗勒氏管和午非氏管），以及中性外生殖器原基。它們都具有向男、女兩個方向發展的可能性。原始性腺的外層皮質可分化發育成睾丸，内部的髓質可分化發育成卵巢；午非氏管可分化發育成輸精管、精囊腺、射精管，而苗勒氏管則可形成子宮、輸卵管、陰道的内三分之二；中性外生殖器原基可分别形成男性的陰莖和陰囊，或者女性的陰蒂、大小陰唇和陰道。可見胚胎初期，每個胚胎都具有向男女兩性分化的物質基礎，究竟向哪個方向發展，則由性染色體上控制性别的基因決定。

　　第二個時期從孕後第8周開始，Y染色體上的睾丸決定基因使原始性腺向原始睾丸分化，并具有了分泌雄激素的作用，這就是性腺分化時期。原始性腺分化成卵巢則要在懷孕後第12周期，這就是說，在這個時期可以從性腺的性别區分出男女胎了。

　　第三個時期大約從懷孕後第9周開始，在睾丸分泌雄激素和抗苗勒氏管激素的作用下，苗勒氏管開始退化了，午非氏管逐漸分化發育成輸精管、精囊腺，随之中性外生殖器原基分化發育成陰莖和陰囊。大約在懷孕後第14周左右，男女胎兒的内、外生殖器官就有了顯著的差異。這個時期雄激素的作用很重要，若在某些病理情況下，嚴重缺少雄激素，則基因為男性的胎兒會向女性分化過程發展；反之，雄激素作用過強，基因為女性的胎兒也可出現女性男性化，如出現陰莖體等。

　　附：男性胎兒生殖器官測量數據

　　26周28周32周36周40周

　　陰莖長（cm）1.01.21.61.82.4

　　陰莖直徑（cm）0.440.570.790.820.89

　　附睾（cm）1.171.231.442.562.64

　　身高（kg）30.034.140.445.848.3

　　體重（kg）0.580.851.422.132.65

　　睾丸體積（ml）0.050.090.180.220.27

　　一般來說，隻要有Y染色體，就存在決定男性的基因，也就能分泌雄激素，胎兒必定發育成男性表現型。否則，就會發育成女性表現型。但也有極少數例外，例如當受精卵内除了Y染色體外，還有兩條X染色體時，由于多餘的一條染色體的幹擾，使男性正常的表現型受到影響，出現高個子、小睾丸、無精子的臨床症狀（參見239頁）。随着科學技術的飛躍發展，人們對性分化又有了進一步的認識。近十年來，有些學者提出了新的學說。他們發現，在XY胚胎細胞膜上有一種蛋白質，是男性個體所特有的組織相容性抗原，叫H－Y抗原。它在胚胎發育過程中，對生殖腺向男性方向發展起着定向作用。這是分子胚胎學領域劃時代的發現。但是，這種操縱性分化大權的H－Y抗原的遺傳基因究竟在哪條染色體的哪一部位上，目前還不清楚，不少學者認為Y染色體短臂上存在H－Y抗原基因。但是，不論H－Y抗原基因位于哪條染色體上，一緻的看法是H－Y抗原對性分化有決定性作用。

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