西南交大最好的四個專業有交通工程專業、土木工程專業、電氣工程及其自動化專業、交通運輸專業。其餘比較好的專業有信息與通信工程專業、控制科學與工程專業、土木工程專業、測繪科學與技術專業等。
交通運輸專業
(國家級一流本科專業建設點、國家級特色專業、國家重點一級學科)
交通運輸專業依托全國排名第一的交通運輸工程國家重點一級學科，先後三次通過教育部工程教育認證，是全國首批通過工程教育認證的交通運輸專業，也是西南交通大學最好的專業之一，并于2007年被評為第二批國家級特色專業、2020年被評為國家級一流本科專業建設點。交通運輸工程一級學科在教育部評估中連續十二年全國排名第一。
土木工程專業
(國家級一流本科專業建設點、國家級特色專業)
西南交通大學土木工程專業于1997年、2002年、2007年均通過了由國家教育部、住建部組織的全國高等學校土木工程專業教育合格評估。2012年進入國家級綜合改革試點專業，2019年被評為國家級一流本科專業建設點。在全國第4輪學科評估結果中，土木工程學科獲評A-。
電氣工程及其自動化專業
(國家級一流本科專業建設點、國家級特色專業、國家重點專業)
電氣工程及其自動化專業是西南交大強勢專業，由電氣工程學院開設，2007年獲評首批“國家級特色專業”，2010年入選首批國家“卓越工程師培養計劃”，2012年入選首批“國家級專業綜合改革試點——國家重點專業”，2019年入選國家級一流本科專業建設點。
交通工程專業
(國家級一流本科專業建設點、國家級特色專業、四川省品牌專業)
1980年，西南交通大學在“鐵道運輸專業”的基礎上開始籌建“交通工程”專業，1982年率先向當時的高教部提出專業設置申請，1985年正式批準招收本科和研究生，成為國内最早創立交通工程專業的三所大學之一。1986年正式招收博士研究生，形成了完整的本、碩、博專業人才培養體系。
國家特色專業：交通運輸、車輛工程、電氣工程及其自動化、機械設計制造及其自動化、土木工程、工程力學、通信工程、建築學、交通工程、地質工程、電子信息工程、計算機科學與技術
教育部卓越工程師教育培養計劃專業：地質工程、材料科學與工程、機械設計制造及其自動化、車輛工程、電氣工程及其自動化、自動化、電子信息工程、生物醫學工程、軟件工程、建築學、土木工程、環境工程、交通運輸、交通工程、工程力學、安全工程、物流工程
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