制藥工程專業畢業後可到各類各級企事業單位從事中藥、化學藥、生物藥物的研發、質控、生産、管理、經營等工作，及到設備制造單位從事制藥設備的設計與開發、生産與制造、經營與服務等方面的工作。
(1)制藥工程專業中最多人選擇從事的工作就是醫藥代表，外企醫藥代表一般一個應屆生能到小1W，所以也會有一定的吸引力，民企或者小的制藥公司也有工資非常低的。這個職業也算得上廣受诟病的職業，每天主要拜訪客戶，每天實際上與醫生交流的時間不到一個小時，花在等待和交通方面的時間确不少。
(2)制藥工程也可以去藥企其他部門：市場部等(小企業)，一般外企和大企業市場部需碩士及以上學曆或者有銷售經驗的人轉部門。
(3)制藥工程專業可以進入藥廠，但普遍工資很低，且工廠位置偏遠，多包吃包住，平均工資3-5K，也因此去藥廠的人不多，但如果願意去的話，工作還是很好找的。
(4)制藥工程專業可以從事醫藥互聯網相關工作，也就是所說的新媒體。但一般比較高端的平台的編輯要求都是碩士及以上學曆，但部分起步的公司還是OK的。一般這類公司都有較多的職位需要制藥相關專業學生，具體不同崗位需求可能不同，也算是這兩年制藥工程學生一個新的出路。
(5)制藥工程專業可以考公務員，不贅述。
從事行業：
制藥工程專業畢業後主要在制藥、新能源、醫療設備等行業工作，大緻如下：
1 制藥/生物工程
2 新能源
3 醫療設備/器械
4 機械/設備/重工
5 儀器儀表/工業自動化
6 其他行業
7 石油/化工/礦産/地質
8 醫療/護理/衛生
制藥工程作為以高新技術為依托的産業發展迅速。從全球看，發達經濟體醫藥市場增速回升，新興醫藥市場需求旺盛，化學仿制藥在用藥結構中比重提高，為醫藥發展帶來新的機遇。從目前行業的整體形勢來看，這個專業就業前景穩定且長期向好。
我國現有藥品制劑和原料藥生産企業5000餘家，以及正在形成的大健康産業集群，這些制藥企業是制藥工程專業畢業生的主要去向。
根據醫藥工業發展的要求和制藥工程專業的培養目标，制藥工程專業的學生畢業後能夠從事藥品生産、新藥研制及企業管理等工作。結合我國5000家左右的醫藥企業，在新冠疫情肆虐和世界各國大力發展大健康産業的背景下，制藥工程專業畢業生的就業前景十分廣闊。
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