裸子植物的種皮由明顯的3層組成。
外層和内層為肉質層,中層為石質層。裸子植物種子外面沒有果皮。
裸子植物的胚都是沿着種子的中央縱軸排列,不同種類種子的胚之間唯一不同的是子葉數目,變動在1到18個之間。但常見的子葉數目為兩個,如蘇鐵、銀杏、紅豆杉、香榧、紅杉、買麻藤和麻黃等。
裸子植物胚乳是單倍體的雌配子體,一般都比較發達,多儲藏澱粉或脂肪,也有的含有糊粉粒。胚乳一般為淡黃色,少數為白色,銀杏成熟的種子中胚乳呈綠色。
裸子植物是種子植物中較低級的一類。具有頸卵器,既屬頸卵器植物,又是能産生種子的種子植物。
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