革蘭氏染色原理是通過結晶紫初染和碘液媒染後,在細胞壁内形成了不溶于水的結晶紫與碘的複合物,革蘭氏陽性菌遇乙醇或丙酮脫色處理時,不會出現縫隙,因此能把結晶紫與碘複合物牢牢留在壁内,使其仍呈紫色;而革蘭氏陰性菌在遇脫色劑後,呈無色,再經沙黃等紅色染料複染,就使革蘭氏陰性菌呈紅色。其中,染色的差異主要是陰性與陽性細菌細胞壁的差異所引起的。
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