蛋白質組學的基本技術流程主要為以下四方面:
蛋白質标本的制備及分離:尋找較好的方法盡可能完全地抽提細胞或組織中的全部蛋白質是比較蛋白質組學研究的重要前提。蛋白質圖像的差異對比分析:給予雙向電泳所獲得的凝膠圖譜,可用圖像分析軟件進行分析對比。差異蛋白質肽段鑒定:圖像分析顯示的不相匹配點及有異常變化匹配點是比較蛋白質組學的興趣所在。單排之數據庫的搜索分析:蛋白質數據庫是屬性化的數據庫,通過搜索蛋白質數據庫可分析和确定該蛋白質性質特征,若搜索不到,可能為新蛋白。
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