國有土地使用權轉讓糾紛的處理是,可以通過行政訴訟來起訴實施和主管的相關單位。法院會根據相關證據做出應有的判斷,判決使用權歸哪一方,如果是實施和主管部門有責任的話,需要對個人或者是企業做出一定的賠償。
【法律依據】
根據《土地管理法》第十一條,土地使用權人未經有批準權的人民政府批準,與受讓方訂立合同轉讓劃撥土地使用權的,應當認定合同無效。但起訴前經有批準權的人民政府批準辦理土地使用權出讓手續的,應當認定合同有效。
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