1、劇情關聯不同。03版動畫劇情前半以原作漫畫單行本前7卷劇情為基礎大幅改編,後半由于追上原作漫畫連載進度,為避免與連載中的原作漫畫出現相互沖突,轉為向原創故事發展;09版的是完全按照原作漫畫創作的,根據日本漫畫家荒川弘創作的漫畫作品改編的二度動畫化作品,采用原作漫畫劇情。
2、集數不同。03版動畫于2003年10月4日開始在日本MBS/TBS系電視台播放第1話,直至2004年10月2日播放最終話,全長51話;2009年4月5日,由BONES制作,入江泰浩任監督,大野木寬任系列構成的電視動畫《鋼之煉金術師 FULLMETAL ALCHEMIST》正式開播,全長64話。
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