海馬是靠鰓蓋和吻的伸張活動吞食食物,餌料的大小以不超過吻徑為度。對餌料的種類和鮮度有一定選擇性。海馬的覓食視距僅為1m左右,所以餌料要投在經常群集處。自然海區海馬主要攝食小型甲殼動物,主要有撓足類、蔓足類的藤壺幼體、蝦類的幼體及成體、螢蝦、糠蝦和鈎蝦等。在人工飼養條件下,以攝食糠蝦和櫻蝦效果最好,其次為足類和端足類。淡水枝角類等也可為食,但要注意避免因在海水中迅速死亡以污染水質。海馬的攝食量與水溫、水質密切相關。在适溫範圍内,水溫高,則攝食量大,消化快。水質不良時,攝食量減少,甚至停食。在正常條件下,海馬的日攝食量約占體重的10%海馬一次攝食量很大,同時耐饑性也很強,從初生苗到成魚耐饑時間可達4至132天。
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