胃腸道間質瘤的發病原因通常與不良生活習慣、不良飲食習慣、環境污染有關,例如不良生活習慣導緻身體免疫力下降,不良的飲食習慣導緻體内有毒物質積累過多,環境污染導緻身體接觸緻癌物質的幾率大大增加。
還有認為基因突變與該病有關,胃腸道間質瘤細胞表達一種具有酪氨酸激酶活性的生長因子受體c-kit,90%的胃腸道間質瘤細胞有c-kit基因的突變。
這一突變導緻c-kit的酪氨酸激酶活性的持續激活和c-kit的自身磷酸化,引起下遊信号傳導系統的激活和細胞增殖失控,從而導緻胃腸道間質瘤的發生。
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