微生物與食品的關系主要有有益、有害、有益和有害相互轉化幾種情況。
有益分為直接有益和間接有益,又可進一步分為有益于人體健康和有益于生産;對于食品有害的微生物,有些是微生物自身是病原菌、緻病菌,可以引起食品污染,有些是因為這些微生物并無危害,但是其代謝産物有毒性,危害人體健康;還有一些微生物自身不會緻病也不會産生有害代謝物。但是其生長繁殖會給生産帶來一些影響。一些微生物對生産和健康的影響較小,而另一些微生物在一些情況下有利于生産和健康,但在某些情況下則不利于生産,有害于健康。
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