大多數藍藻的細胞壁外面有膠質衣,沒有細胞核,但細胞中央含有核物質,通常呈顆粒狀或網狀,染色質和色素均勻的分布在細胞質中。 藍藻細胞内的原生質體不分化成細胞質和細胞核,而分化成周質和中央質兩部分。周質位于細胞壁的内面,中央質的四周,藍藻的光合作用色素如葉綠素A,藻藍素和藻紅素等就存在于周質的光合片層中。藍藻不具葉綠體、線粒體、高爾基體、中心體、内質網和液泡等細胞器,唯一的細胞器是核糖體。
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