要研究蛋白之間的相互作用，我們要怎麼找到目的蛋白呢，需要解決什麼問題呢？如何來開展實驗呢？面對這一連串的發問，千萬不要驚慌，恰巧今天這裡就有一篇套路文章，我們來一起看看這蛋白間的相互作用可以怎樣研究。

首先，要找到要研究的蛋白，如何找？那必須是多讀文獻。

該篇文章介紹到登革病毒（DENV）蛋白和 GRP78蛋白在細胞内的相互作用已有報道，而 GRP78作為Hsp70的一種，和Hsp90同屬于熱休克蛋白家族的伴侶蛋白，因而有必要了解一下Hsp90與DENV蛋白的相互作用。

況且先前已經有很多報道證明Hsp90在大多數病毒的複制中起重要作用，且Hsp90與DENV的E 蛋白已經證明有相互作用，那麼Hsp90與DENV的其他蛋白的相互作用呢？接下來就進入正題，可以進行套路實驗了。

1.檢測登革病毒感染的細胞中Hsp90的表達。登革病毒編碼三個結構蛋白（capsid, prM, E）和7個非結構蛋白（NS1, NS2A,NS2B, NS3, NS4A, NS4B,NS5）。

由多個蛋白編碼構成的登革病毒在感染細胞後，用western blot來檢測細胞内Hsp90的表達水平，由圖可以看出，感染的細胞中有Hsp90的表達。

2.那麼接下來，為了研究Hsp90與DENV蛋白間的相互作用，免疫共沉澱(Co-IP)是合适的選擇。

Co-IP是以抗體和抗原之間的專一性作用為基礎的用于研究蛋白質相互作用的經典方法，是确定兩種蛋白質在完整細胞内生理性相互作用的有效方法。

其基本原理是：細胞裂解液中加入抗體，與抗原形成特異免疫複合物，經過洗脫，收集免疫複合物，然後進行SDS-PAGE及Western blotting分析。

所以文章中通過這個經典的實驗得到Hsp90和DENV E、NS2B、NS3、NS4B、NS5在細胞内都有相互作用，但是Hsp90和DENV capsid protein的相互作用卻沒有觀察到，即便是換了一種細胞也是同樣的結果。

3.蛋白與Hsp90的相互作用已經明确，後面作者可以做些什麼呢？後面提到在DENV中，NS3和NS5是有相互作用的，那麼Hsp90與它倆的作用是連帶的呢，還是單獨的呢？

于是作者将NS3和NS5分别克隆到載體上，然後感染細胞，做免疫共沉澱，看看究竟它們三者之間的關系。結果得到，NS3和NS5分别與Hsp90有相互作用，且是單獨的。

4.除了免疫共沉澱，為了能夠更加清楚地看到這些蛋白與我們的興趣蛋白Hsp90在細胞中的共存，于是另一經典實驗免疫熒光共定位被利用。

共定位就如字面意思上所說的，能夠表明蛋白A和B都在此細胞有表達，并且在同樣的細胞内位置或細胞器。

那麼在實驗中，挑選的幾個蛋白确實能觀察到與Hsp90在細胞中的共定位。比如下圖。

5.除此之外，作者将Hsp90抑制住（通過格爾德黴素GA能夠明顯抑制Hsp90的表達），然後再觀察一些蛋白的表達是否會有明顯地升高或降低。結果證實蛋白NS3、NS5表達并沒有明顯變化，而E蛋白的表達有明顯下降。

最後在讨論部分着重闡述這些蛋白本身的作用，而因為與Hsp90的相互作用，可以猜測這些蛋白的作用被Hsp90影響了——或協同，或抑制。

綜上，我們看到這樣的文章思路實際上是很清晰的，而且實驗也是經典實用，總結起來就是:

趕緊學起來，四分的文章也不是那麼難額！

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