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怎樣查找geo數據

科技更新时间:2025-01-06 06:40:45

爾雲間一個專門做科研的團隊

原創 eryun 雲生信學生物信息學 關注我們

怎樣查找geo數據（你可能根本不知道的GEO數據查詢技巧）1

01✦✦常規篩選

在GEO數據庫搜索所需數據集的時候，條目太多，一個個點進去篩選耗時耗力，效率不高。

通常我們可以通過geo界面左右兩側給的一些選項進行篩選

數據記錄類型：atasets、series、samples和platforms

怎樣查找geo數據（你可能根本不知道的GEO數據查詢技巧）2

選擇來源物種

怎樣查找geo數據（你可能根本不知道的GEO數據查詢技巧）3

測序平台：DNA、mRNA、SNP、甲基化等等

怎樣查找geo數據（你可能根本不知道的GEO數據查詢技巧）4

限定作者

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限定樣本類型

怎樣查找geo數據（你可能根本不知道的GEO數據查詢技巧）6

限定數據上傳時間

怎樣查找geo數據（你可能根本不知道的GEO數據查詢技巧）7

02✦✦檢索式搜索

上述是網上經常提到的篩選方法，但今天我發現一個有意思的地方，感覺可以探索一下

當我以“undifferentiated carcinoma”為關鍵詞進行搜索時

怎樣查找geo數據（你可能根本不知道的GEO數據查詢技巧）8

它右側輸入框顯示"carcinoma"[MeSH Terms] OR undifferentiated carcinoma[All Fields]

怎樣查找geo數據（你可能根本不知道的GEO數據查詢技巧）9

當我們點擊See more出現以下界面

怎樣查找geo數據（你可能根本不知道的GEO數據查詢技巧）10

Query Translation這裡提示我也可以在GEO使用檢索式進行檢索

針對"carcinoma"[MeSH Terms] OR undifferentiated carcinoma[All Fields]這一命令進行解讀

它是在關鍵詞MeSH Terms中對carcinoma進行精确搜索，OR 或，在所有字段[All Fields]中搜索undifferentiated carcinoma。

而我們在搜索框中輸入的undifferentiated carcinoma，我是想對undifferentiated carcinoma進行一個精确的搜索，通常使用雙引号””便可進行精确搜索

怎樣查找geo數據（你可能根本不知道的GEO數據查詢技巧）11

怎樣查找geo數據（你可能根本不知道的GEO數據查詢技巧）12

我們可以看到在進行精确搜索前我們得到了238298條數據，而精确搜索後就隻有64條數據，有量級的差别

這也說明了我們是可以在GEO數據庫使用檢索式進行搜索

而我們也可以使用All Fields，Title，MeSH Terms，Description這些限定檢索字段

怎樣查找geo數據（你可能根本不知道的GEO數據查詢技巧）13

上圖顯示[Description]是被正常識别的

當然一些常規的符号也是能識别的，比如：

“|”或——并行搜索、

“-”非——消除無關性、

“ ”加号 —— 強制包含關鍵詞

怎樣查找geo數據（你可能根本不知道的GEO數據查詢技巧）14

這裡|就被識别為了OR，當然你也可以直接輸入OR。

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