蔡元培與李石曾又在設立北平大學區問題上形成意見對立。李石曾認為首都既在南京,北平應為教育與學術重心,故力主在北平設大學區,統轄京津冀等地教育。而蔡元培鑒于浙江、江蘇兩大學區的試行情況和不利局面,考慮在範圍更大的北平地區再設立大學區,恐反對者更多困難更大,故不表贊成。在8月16日大學委員會會議上,蔡以大學院院長的身份主持會議,提出此案而不贊一詞,但請公決,反對者僅朱家骅一人。國民政府旋即任命李石曾為北平大學區校長。蔡元培極度失望之餘,翌日即向國民黨中央和國民政府提出辭去本兼各職。并攜眷離甯赴滬。從此蔡元培專任中央研究院院長,繼續倚重英美派留學生作為研究院的主要力量。
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