因為這兩種東西的分子機制和序列都有明顯的同源性,既有可能是反轉錄轉座子在進化過程中獲得了一些蛋白質,從細胞裡脫離出來成為逆轉錄病毒;也有可能是反轉錄病毒進入細胞以後整合到基因組裡成了逆轉錄轉座子。tRNA的一些功能,可能是一種過渡形态的遺傳信息傳遞方式的遺迹,來自于RNA作為主要遺傳物質時的自我複制機制。一些RNA病毒的基因組末端結構,也就是tRNA的特征,而這個結構是用于RNA病毒基因組的複制起始的。另外粉色面包黴菌的線粒體質粒在複制過程中,要通過中介RNA完成,這個過程中的逆轉錄被一些人視為進化過程中RNA基因組複制向現在的DNA基因組複制的一個過渡形态的遺迹。
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