浮遊藻類與水生高等植物共同組成湖泊中的初級生産者,在某些缺少水生高等植物的湖泊中,它則是唯一的初級生産者,而且是維持湖泊中一些動物和微生物食物的主要來源和基礎。湖泊中浮遊藻類包括藍藻門、隐藻門、甲藻門、黃藻門、金藻門、矽藻門、裸藻門和綠藻門等種類,其中尤以藍藻、矽藻和綠藻門的種類為最多。
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