朝天椒留種,應于收獲前選取高産田中,植株健壯、果實豐滿、品性特征典型的植株,單獨收獲、晾曬,作為下年度用種。為提高純度最好單設留種田,要與其它品種的辣椒相距500米以上。需要注意的是,辣椒是常異交自花授粉作物,其天然雜交率10%左右,購賣一次種子可連續使用幾年,但長期不換種,不提純複壯,種子就會退化,産量也就會大幅下降。
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