批捕後案子還在公安機關的原因是因為逮捕後還有兩個月的偵查期限,公安機關偵查完畢才會移送檢察院,由檢察院審查确定是否提起公訴。批準逮捕是檢察院的權利;偵查是公安局的權利。
【法律依據】
《刑事訴訟法》第一百五十六條,對犯罪嫌疑人逮捕後的偵查羁押期限不得超過二個月。案情複雜、期限屆滿不能終結的案件,可以經上一級人民檢察院批準延長一個月。
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