1、地下害蟲危害。在育苗時地下害蟲嚴重，比如蛴蠟類、蝼蛄類、金針蟲類等地下害蟲，它們主要危害幼苗的根部，以成、若蟲咬食為害花椒苗的根，造成缺苗斷壟。防治方法：在育苗期，苗圃要經過先整平，後深翻熟化，為預防蛴蠟類、蝼蛄類、金針蟲類等地下害蟲危害。整地時可以每畝撒施殺蟲劑，之後淺耕耙勻，使得土壤疏松，地面平整。
2、立枯病。立枯病又名死苗，在幼苗出土後，病菌常常用根頸部侵入，再向幼根和幼莖擴展，使得幼苗倒伏，迅速枯死。幼苗木質化的莖幹受害後，幼苗雖然不倒伏但是會出現立枯現象，而且幼苗莖幹木質化抵抗力增強，受害的幾率減少。防治方法：栽培前要選擇好苗圃，土壤是病菌主要侵染源，一般長期栽培蔬菜的地塊上，積累的病原較多，所以這類土地不宜選作苗圃地。同時在整地時撒施殺菌劑，減少病原基數，降低發病可能性。
3、水澇爛根。在地下水位高、排水不良、土壤黏重的苗圃地，常常會發生爛根現象，主要是因為積水後根部缺氧窒息引起的。開始會選擇葉片變黃葉緣焦枯的現象，之後植株慢慢枯死，将枯死後的植株拔除，會發現大量的根系腐爛，伴有一股酸腐味道；防治方法：對于地下水位高、排水不良、的圃地，可以采取深溝高畦的育苗技術，控制積水，防止水澇。而對于土壤粘重的苗圃地，可以采取使用腐熟農家肥，增強土壤通透性，改良土壤結構的方法。
4、化肥爛根。苗木缺氮時，生長緩慢、長勢衰弱、對于外界的抵抗力較弱，極易發生病害，而當施入大量氮肥是，植株内的碳、氮代謝的協調關系被破壞，苗木貪青徒長。而且角質層較薄，厚壁組織不發達，植株柔軟多姿，根系在吸收過量化肥後，根頸部皮層會變黑，皮下木質部也變成黑褐色，嚴重時根系腐爛死亡；防治方法：因為氮肥偏多而引起爛根，要适當減少氮肥，注意氮磷鉀的比例，以免苗木貪青徒長，提高抗病力。
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