一、科技宏觀管理的頂層機構權威性:科技涉及到各行各業,顯然不是一個部門機構能統一管理的。部委管理機構職能設置重疊,科技部、發改委、财政部、工信部、教育部等多個政府部門參與管理,各部門的政策目标不一緻,政策難以相容協調,甚至部門規章與法律條款相左。缺乏科技資源投入的頂層設計和宏觀協調管理。
二、計劃經濟時代的科技管理和運行體制:中科院、國防科工委、農業部、衛計委等部委都有自己部門的科研體系,大量的科學事業費用于養人養機構,沒有真正用于科研投入。
三、企業科技研發投入:研發投入以國家為主違背市場經濟規律。科研與經濟脫節,大學、研究機構和企業之間的聯系匮乏,知識生産者和潛在使用者之間“人為”隔離,彼此之間僅有有限的溝通和協同。
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