酵素實際上就是酶,酶的一個非常重要的功能是參與消化系統的工作。以富含蛋白酶為代表酵素為例,可以将進入消化道的大分子(澱粉和蛋白質)降解為小于15微米的小分子,以便于腸道毛細血管充分吸收。澱粉不能被腸道直接吸收,而酶可以将澱粉水解為麥芽糖或更進一步水解為葡萄糖等腸道可以吸收的小分子。不同的酶分解不同的食物底物。在草食性反刍動物的消化系統中存在一些可以産生纖維素酶的細菌,纖維素酶可以分解植物細胞壁中的纖維素,從而提供可被吸收的養料。
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