南浔境内發現的洪城、花城、上石等古文化遺址證明,早在新石器時代,原始社會氏族部落就在此繁衍生息。
相傳夏禹治水,劃天下為九州,南浔轄域隸屬揚州。
春秋戰國時期先後屬吳、越、楚。公元前333年,楚以此為春申君之封邑,始建菰城縣,南浔轄域隸屬菰城縣。
西晉太康三年(公元282年),分烏程縣東鄉置東遷縣,縣治在今舊館。
南朝宋元徽四年,東遷縣改為東安縣,次年仍複名為東遷縣。隋開皇九年東遷縣并入烏程縣。
宋太平興國七年,分烏程縣東南15鄉置歸安縣。
民國元年(1912年),烏程、歸安合并為吳興縣,今南浔轄域隸屬吳興縣。
1949年5月2日,南浔解放,今南浔轄區隸屬吳興縣。
1993年9月,湖州市區下設城區、南浔區、菱湖區3個區工委。南浔鎮屬南浔區。
2011年6月30日,湖州南浔古鎮管理委員會作為區政府派出機構正式成立,領導公司對古鎮區開展保護、利用、規劃、建設和管理工作。
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