鴨的消化器官包括喙、口腔、舌、咽、食道、胃（腺胃和肌胃）、小腸、大腸、盲腸、洩殖腔以及附屬器官和肝髒、膽囊和胰腺等。
1.喙、口腔與舌
鴨的口腔前部為角質的喙，扁平形，末端為圓形，便于啄食飼料，喙被覆有角質膜，大部分為較厚而又柔軟的皮膚，稱為蠟膜。上、下喙邊的角質闆形成鋸齒狀的許多橫褶，便于鴨在水中采食食物後将泥水從喙的兩側濾出，而将食物留在口腔内。在橫褶的蠟膜以及舌的邊緣上，分布着豐富的觸覺感受器。口腔的頂壁為硬腭，因無軟腭，硬腭向後與咽的頂壁直接相連，合稱口咽腔。
2.咽
鴨沒有牙齒，采食方式為吞食，飼料進入口腔後随即咽下。由于鴨的唾液腺不發達，加之無咀嚼，所以鴨采食時常常需飲水，以濕潤食物，幫助吞咽。鴨吞食時靠擡頭伸頸，借助重力、食道壁肌肉的收縮力以及食道内的負壓将食塊和水咽下。
3.食道
鴨的食道是一條從咽到胃、細長而富有彈性的管道，食道壁由外膜、肌膜和黏膜構成，食道腺位于黏膜下，可以分泌黏液。鴨食道下端為膨大部，呈紡錘形，可貯存大量纖維性飼料，并有潤滑和軟化食物的作用，所以鴨具有很強的耐粗飼和覓食能力。鴨吞咽食物時擡頭伸頸借助重力、食道壁肌肉的收縮力以及食道内的負壓将食物和水咽下，到達食道膨大部并停留24小時後，逐漸向後流入胃内。
4.胃
鴨胃分腺胃和肌胃兩部分。腺胃也稱前胃，呈紡錘形，體積很小，但消化腺特别發達，可分泌胃液。胃液中含有蛋白酶和鹽酸，能消化蛋白質和分解礦物質。食物在腺胃内與胃液混合，經短時間停留後進入肌胃。肌胃也能分泌具有消化作用的胃液。
肌胃俗稱“砂囊”，是禽類特有的器官。鴨的肌胃又稱鴨肫。肌胃的胃壁很厚，呈側扁圓形，表面覆有腱質，肌肉發達，收縮力強，主要是對食物起磨碎作用。肌胃的磨碎作用，一是靠肌肉強有力的收縮；二是靠肌胃内一層很厚而結實的黃色角質膜（也稱内金），此膜在磨碎飼料中起機械作用，又能保護肌胃黏膜不受堅硬飼料的損傷；三是靠采食時吞進的沙礫。
這些沙礫在肌胃内滞留的時間較長，增加了肌胃的磨碎作用，使鴨能有效地利用谷物和粗飼料。如将沙礫除去，消化率會降低25%～30%，糞便中也可見到整粒的谷物，俗稱“過料”。所以，在配合飼料中要加入2%的沙礫，或在舍内放置砂槽任鴨自由采食。
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