南通大學創辦于2004年，由原南通醫學院、南通工學院和南通師範學院合并組建而成，其中較為有實力的是南通醫學院。不過南通醫學院雖然建校很早，而且教研積澱深厚，不過主力早在1957年就搬遷到了蘇州，留守部分才是南通醫學院的主力。因此，南通大學這所“雙非”高校雖然整體實力并不強，但是醫學方面還是略有一定優勢。
南通大學杏林學院是一所“獨立學院”，也就是說他是一所民辦高校，當然也有人稱之為私立大學。之所以挂“南通大學”的名字，這主要是因為南通大學讓他挂了自己的名字，因為這樣做，可以獲得一定利益，這是很多學校都喜歡的選擇。而書面理由則是，南通大學同其合作人共同申辦了這所學校，南通大學出無形資産，而合作人出有形資産，管理歸合作人管理，僅此而已。
南通大學杏林學院，同南通大學本質上沒有任何關系，這是兩種不同體制的高校。南通大學是一所公辦高校，而南通大學杏林學院是一所民辦學校，公辦學校是禁止同民辦學校有隸屬關系的，所以這就是兩所學校，各管各家的事情。而南通大學杏林學院并非是南通大學的二級學院，他是擁有獨立發展資格的學校，學院内任何人事和财務都歸學院自己管理，南通大學不會也不能參與其中，所以說兩所學校本質上沒有任何關聯。
南通大學杏林學院，既然是一所民辦高校，教學經費就要想辦法自己搞到，很顯然是從學費裡獲得，學費自然很貴。但是任何涉及商業利益的事物，其實都有兩面性，一方面要保證教學質量，另一方面要保證利潤，但是很難做到平衡。想賺錢，當然教學質量就下降，就要侵害學生利益，否則如何壓榨更多的剩餘價值，沒有更多的剩餘價值，哪裡來的利潤。因此，南通大學的實力要勝過南通大學杏林學院一些。
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