人類補完計劃是貫穿EVA的主線之一，可以說看不懂這部分劇情，就很難理解這部動畫，接下來我簡單的介紹一下，人類補完計劃到底是什麼？

人類補完計劃有個冠冕堂皇的目的，消除人與人之間的心之壁，實現人類的最終進化。這背後也有一個隐藏目的，那就是selee企圖通過人類的滅亡來進行贖罪。

這裡再說一下基本設定：生命之樹是神創造宇宙萬物的藍圖，亞當和莉莉絲是生命的雄體和雌體的最高存在形态，也被稱為第一第二使徒。幾十億年前亞當随着白之月到達地球，同時生出了第3～16号使徒。後來黑之月帶着莉莉絲到達地球，生出了人類。莉莉絲是第2使徒，人類（LILIN）相當于第18使徒。

在誕生的過程中，其他的使徒全部選擇了生命之樹的生命果實，所以每一個使徒都有巨大的能量源和無盡的生命力。但是人類選擇的是智慧果實，沒有能源維持巨大整體，隻能以個體的形态存在，這也就導緻了人與人之間的隔閡。

人類補完計劃就是想通過讓所有人類靈魂重新回歸莉莉絲，來完成融合，從而消除心靈隔閡實現最終進化。

在聖經中人類被視為惡魔撒旦與莉莉絲的後代，所以也有了人生而有罪的說法。所以神秘組織selee，希望以這種方式進行贖罪。

selee持有着死海文書，上面記載了很多未知的信息，他們以此為指導文件，拟定了人類補完計劃。

人類補完計劃的具體操作是：利用搭載着s2機關的eva，對莉莉絲執行處刑儀式。（在舊劇場版中，碇司令掌控着莉莉絲，所以selee退而求其次，使用莉莉絲的複制品，也就是初号機去執行這一儀式，企圖完成補完計劃。）

S2機關實際上就是生命之果，據死海文書記載，所有使徒被消滅之後，生命之樹會重新出現，它的果實也會出現。

所以從一開始nerv造eva打使徒并不是為了保護人類，而是為了讓生命之樹出現，從而實現自己的目的。

其實碇司令和selee的關系是貌合神離的，老碇不想以selee的方法完成人類補完。他隻想重新見到碇唯，于是他的計劃是讓亞當和莉莉絲的禁忌融合，成為引導人類補完的人，如果計劃完成，碇司令将變成如同神一般的存在。

在劇場版中，碇司令其實隻差一步就成功了。藏在老碇手中的亞當胚胎正要與绫波麗結合的時候，绫波麗卻聽到了真嗣的召喚。

在前面一系列鋪墊之下，有了自我意識的绫波麗對老碇說出了“我不是你的玩偶”之後就背叛了他，決定遵從碇真嗣的意志。老碇的“禁忌融合”計劃泡湯，但是人類并沒有因此得救。

真嗣已經在多次的崩潰之中失去了理智，内心的傷痕被無限擴大，他做出的決定是讓人類消失…此時此刻碇真嗣的意志代表了莉莉絲的意志，所以最終幾經周折，在莉莉絲的引導下，第三次沖擊還是發生了。人類補完計劃開始執行，靈魂紛紛回歸莉莉絲，肉體化作LCL之海。

一個沒有戰争，沒有悲傷，沒有饑餓，沒有寒冷的世界誕生了。

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