吉林大學化學學院的前身是吉林大學化學系,始建于1952年,由老一代化學家蔡镏生院士、唐敖慶院士、關實之教授、陶慰孫教授等親手創建。2000年6月,吉林大學、吉林工業大學、白求恩醫科大學、長春科技大學、長春郵電學院合并,組建成立了新的吉林大學。次年5月,新吉林大學進行院系整合,由來自五所大學化學學科的師生員工組成了化學學院。在六十餘年教學與科研的實踐中,吉林大學化學學院逐步形成了群體協作的團隊作風,求實創新的工作理念,腳踏實地的科學精神和珍惜學院集體榮譽的優良傳統。
化學學院是我國首批一級學科博士學位授權單位,首批博士後科研流動站。2007年,吉林大學化學學科被評為一級學科國家重點學科。
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