梯度PCR是為第一次使用某條引物,為了摸索最佳退火條件設定,拿到引物時,會得到建議的Tm值,由于兩條引物不同,可算出一個退火溫度,但這個退火溫度不一定是最佳反應條件,因此可以設定退火的梯度,最常用的為10℃,這樣每一個反應都有一個退火溫度,最後電泳時,可以觀察到在哪一個退火溫度下,PCR産物産量和特異性都有保證,這樣後面就可以選這個溫度進行試驗,但是對于已經有最佳條件的引物,或反應體系,不需要做梯度PCR。
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