清沿襲明制,大緻分省、府、縣三級,總督、巡撫為掌握行政、軍事、監察大權的高級地方官員,布政、按察兩使為督、撫的屬官。與督、撫平行的有駐防将軍和提督學政,不過駐防将軍隻管八旗駐軍;提督學政隻管學校與科舉考試,其權力不能與督、撫相比。
省以下有道的設置,道為監察區性質,不算正式行政區。道主要有分守道和分巡道兩種,兼兵備銜,另有一些不屬布政、按察二司的道,如海關道、管河道、督糧道、鹽法道等。省以下為府,設知府、同知、通判等官,與府平行的有直隸廳,設同知、通判。府以下為縣,設知縣、縣丞、主簿等官,與縣平行的為散廳,設置同直隸廳。
在少數民族地區則設專門機構管理,即土司,一般分為兩種:一種由軍事部門管轄,如宣慰司、宣撫司、安撫司、招讨司、長官司等,長官為宣慰使、宣撫使、安撫使等;另一種是由行政部門管轄,也設府、縣等,官員稱土知府、土知縣,通常由少數民族頭人擔任。
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