真菌的分類單位,依次分為界 ,門 ,綱 ,目,科 ,屬,種。種是基本單位,種以下還有亞種。真菌分類的主要依據為:有性生殖的各種器官、無性菌絲、孢子和菌落形态特征等。真菌分類系統較多,目前尚未統一,近年來趨向采用安斯沃斯等人的《真菌學詞典》所介紹的分類系統。該系統認為真菌屬于單獨成立的真菌界,界以下分為粘菌門和真菌門,通常所稱的真菌即指真菌門菌。真菌門下分為5個亞門:鞭毛菌亞門,接合菌亞門,子囊菌亞門,擔子菌亞門和半知菌亞門。而最新的真菌分類把真菌界分為4個門,分别為接合菌門,擔子菌門,子囊菌門和壺菌門。
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