反間諜工作的主管機關是國家安全機關。國家安全機關是掌管對外情報和反間諜工作,擔負保衛國家安全的專門機關。中國的國家安全工作原統由公安機關負責。
國家安全機關與公安機關的分工是:前者主要是對外,後者主要是對内,互相結合,組成一個完整的保衛國家安全和社會治安的安全體系。根據1983年9月2日中華人民共和國全國人民代表大會常務委員會決定,國家安全機關可以行使憲法和法律規定的公安機關的偵查、拘留和執行逮捕的職權。
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