為提高細菌性感染的抗菌治療水平，保障患者用藥安全及減少細菌耐藥性，預防和糾正不合理應用抗菌藥現象，根據《指導原則》将抗生素分三級管理：
一、分級原則
1、非限制使用——處方醫師開具。
2、 限制使用——主治以上醫師開具
3、特殊使用——主任醫師開具
二、分級管理辦法
1、非限制使用的抗菌藥物：指經臨床長期應用證明安全、有效，對細菌耐藥性影響較小，價格相對較低的抗菌藥物。如青黴素、氯黴素、先鋒5号等；
2、限制性使用的抗菌藥物：是相對于非限制抗菌藥物來說的。在療效、安全、對細菌耐藥性影響等方面存在一定的局限性，藥品價格也相對較高，這類抗菌藥物應控制使用。如三代的頭孢類抗生素
3、特殊性使用的抗菌藥物：是指不良反應明顯，不宜随意使用或臨床需要倍加保護，以免細菌過快産生耐藥性而導緻嚴重後果的；新上市的抗菌藥物，其療效或安全性任何一方面的臨床資料尚較少，或并不優于現用藥物的；價格昂貴的藥品。
特殊使用抗菌藥物須經由醫院藥事管理委員會認定，具有抗感染臨床經驗的感染或相關專業專家會診同意，由具有高級專業技術職務任職資格的醫師開具處方後方可使用。
以下為特殊使用的抗菌藥物：
（1）第四代頭孢菌素：頭孢吡肟、頭孢匹羅、頭孢噻利；
（2）碳青黴烯類抗菌藥物；亞安培南/西司他丁、美洛培南、帕尼培南/倍他米隆、比阿培南、朵利培南；
3）多肽類與其他抗菌藥物：萬古黴素、去甲基萬古黴素、替考拉甯、利奈唑烷；
（4）抗真菌藥物：卡泊芬淨，米卡芬淨，伊曲康唑（口服劑、注射劑），伏利康唑（口服劑、注射劑），兩性黴素B含脂制劑
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