原創 小飛鼠 科研貓
前面兩期的繪圖課程,收到喵友們的好評如潮,倍感榮幸呀。還有不少同學在問有沒有線下培訓課程,科研貓已經在籌備啦,預計9月份會跟大家見面。隻要是大家有需要,科研貓都會推出的。那麼今天,咱們依然:小闆凳排排坐,飛飛老師要開課~
想跟大家說的是,我們的教程雖然是按部就班地推出,但也支持點播哦~。前幾天,有同學說想要韋恩圖的教程,那麼我們就來一期韋恩圖吧。
韋·恩·圖
定義:Venn diagram, 又稱為文氏圖、溫氏圖、維恩圖、範氏圖,是在所謂的集合論(或者類的理論)數學分支中,用以表示集合(或類)的一種圖。用于展示在不同的事物群組(集合)之間的數學或邏輯聯系,尤其适合用來表示集合(或)類之間的“大緻關系”。
解讀:各個集合(或類)就以圓/橢圓(的内部區域)來表示。兩個圓/橢圓相交,其相交部分表示兩個集合(或類)的公共元素,兩個圓/橢圓不相交(相離或相切)則說明這兩個集合(或類)沒有公共元素。
應用場景舉例:計算多個組中差異基因的交集
繪制方法:使用 read.table() 函數讀入不同列表的數據,構建列表list,使用R的VennDiagram包繪制不同數量的組之間的韋恩圖。
繪圖操作:使用科研貓提供的 韋恩圖·R代碼,隻要提供幾個參數即可:
由于我們常用的韋恩圖可能涉及多個組别,如2組、3組乃至4組、5組,為了更全面地展示作圖過程,更好地教會大家,我們在這裡把不同組别全部做一遍。
以四組的文恩圖為例,我們需要讀入四個列表的數據文件,然後命名這四個數據列的名稱,對代碼做如下修改和設置:
1. 設置需要讀入的列表1的數據文件;設置列表1的名稱;
2. 設置需要讀入的列表2的數據文件;設置列表2的名稱;
3. 設置需要讀入的列表3的數據文件;設置列表3的名稱;
4. 設置需要讀入的列表4的數據文件;設置列表4的名稱;
然後直接全選,運行代碼即可。出來的圖是這樣的:
相當漂亮啊,有木有?同理,如果需要2組,3組,或者5組的韋恩圖,需要設置對應數量的列表文件和列表的名稱即可。畫出來的圖是這樣的:
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