結腸和小腸不同，結腸腸壁光滑，沒有突起的絨毛結構，而是有許多個别收縮的“袋狀”結構，促使大量的食物能向下移動。一般來說，結腸的神經分布并不多，因此我們不太能感受到結腸的肌肉運動。
結腸會吸收殘餘的水分使糞便緊實，結腸細胞則會制造足夠的黏液幫助糞便通行。除了吸收水分和小腸沒有吸收完成的營養素之外，結腸還是發酵的主要場所。腸道若健康，小腸内的害菌是無法發揮作用的。
然而，卻有成千上億的微生物寄居在結腸中，數目是人體細胞總數的三倍（1萬萬兆），種類高達400至500種。這些細菌對于營養和消化非常重要，舉例來說，維生素K的合成全仰賴于此，而維生素B群中也有相當的量必須仰賴這些微生物來合成。
在缺氧或全然厭氧的腸道中，這些微生物很快地将食物殘渣分解，分解後的産物包括吲哚、糞臭素、硫化氫、脂肪酸、甲烷、二氧化碳等。這些分解産物中，有些具有毒性（如靛苷、腐肉素、神經堿、屍胺和屍毒），有些會産生臭味。
因此，我們可以把小腸看作是消化的化學工廠，把大腸看成生物發酵工廠。
糞便的棕色是來自肝髒産生的膽鹽，如果糞便不帶棕色而是白土色的話，可能反映了膽鹽分泌和消化方面的問題。
糞便到達直腸時，約還含有七成的水分，另三成則含微生物、食物殘渣、膳食纖維素、人體無法消化的物質和體内的死細胞。
糞便進入直腸的時間，要看所攝取食物的粗糙程度和水分含量。粗糙的糞便會較快排出，而缺乏膳食纖維的軟便則較難在腸道中移動。糞便在腸道中停留愈久，就被吸去更多水分，使得糞便更為緊實，若未能順利排出，則會出現便秘。
結腸是設計用來排除人體最毒最臭的廢物。
最理想的狀态，人體應該在進食的24小時後排除這些廢物，然而，現代生活中以肉類為主食、高脂低纖的膳食，讓一般的成人必須花上72至96小時才能将糞便排出。值得一提的是，肉類中蛋白質，隻有不到25%能被完全消化并轉化成有用的營養成分，其他的肉類蛋白質則在腸道中緩緩腐敗，直到随糞便排出為止。
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