也就是說商譽這部分是被合并方繳過所得稅了嗎？
解答：
所謂應稅合并，就是稅法規定的一般性稅務處理（與特殊性稅務處理相反）。
《财政部 國家稅務總局關于企業重組業務企業所得稅處理若幹問題的通知》（财稅[2009]59号）第一條第(五)規定：“合并，是指一家或多家企業(以下稱為被合并企業)将其全部資産和負債轉讓給另一家現存或新設企業(以下稱為合并企業)，被合并企業股東換取合并企業的股權或非股權支付，實現兩個或兩個以上企業的依法合并。”
《财政部 國家稅務總局關于企業重組業務企業所得稅處理若幹問題的通知》（财稅[2009]59号）第四條規定：“企業重組，除符合本通知規定适用特殊性稅務處理規定的外，按以下規定進行稅務處理：......
(四)企業合并，當事各方應按下列規定處理：
1.合并企業應按公允價值确定接受被合并企業各項資産和負債的計稅基礎。
2.被合并企業及其股東都應按清算進行所得稅處理。
3.被合并企業的虧損不得在合并企業結轉彌補。......”
因此在合并時，被合并企業在合并完成後将依法注銷，被合并企業及其股東都應按清算進行所得稅處理。
依照《财政部 國家稅務總局關于企業清算業務企業所得稅處理若幹問題的通知》（财稅[2009]60号）規定，清算所得是指企業的全部資産可變現價值或交易價格減除資産淨值、清算費用以及相關稅費等後的餘額。
計算公式為：
清算所得=企業的全部資産可變現價值或交易價格-資産的計稅基礎-清算費用-相關稅費 債務清償損益-彌補以前年度虧損（不是提問中的“賬面價值”，而是“計稅基礎”）
清算所得稅=清算所得×25%
因此，計算清算所得稅需要處理的内容包括：資産的可變現價值、資産淨值（計稅基礎）、相關稅費、虧損彌補額。當然，在合并業務中，“資産變現價值淨額”就是合并方支付的股權公允價值 現金款項等。
在企業合并過程中，合并方付出代價的公允價值大于被合并方可辨認資産的公允價值的，就産生正商譽（多數情況），反之就形成負商譽（極少數）。因此，被合并方在計算“清算所得”時已經包括了商譽的價值，如果是正商譽的話則需要計入應納稅所得額計算繳納企業所得稅，反之如果是負商譽則會抵減應納稅所得額。
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