抗菌抗病毒作用。菘藍根對多種細菌有滅殺作用。水浸液對枯草杆菌、金黃色葡萄球菌，八聯球菌、大腸杆菌、傷寒杆菌、副傷寒甲杆菌、痢疾杆菌（志賀氏、弗氏)、腸炎杆菌等都有抑制作用；丙酮浸出液也有類似作用，且對溶血性鍊球菌有效（皆用瓊脂小孔平闆法)。對A型腦膜炎球菌之抑菌作用與大蒜、金銀花相似。闆藍根、大青葉抗菌、抗病毒的有效成分，有人認為是靛甙。實驗證明，靛甙在體内外皆無抗菌作用；體外抗病毒作用亦不突出；在體内排洩又快，故認為它無明顯生理和抗菌的活性作用。其有效成分尚待研究。
抗鈎端螺旋體作用。1：100以上的闆藍根或大青葉，在試管内均有殺鈎端螺旋體的作用。
解毒作用。犬用闆藍根、黃連粉與藜蘆同服（各2.0g/kg)，能解藜蘆毒，降低死亡率；若藜蘆中毒後再用之，則無效；分别單用闆藍根粉或黃連粉，效果亦不好。
提高免疫功能。小鼠腹腔注射闆藍根多糖50mg/kg，可顯著促進小鼠免疫功能，表現為：能顯著增加正常小鼠脾重。白細胞總數及淋巴細胞數，對氫化可的松所緻免疫功能抑制小鼠脾指數、白細胞總數和淋巴細胞數的降低有明顯對抗作用；顯著增強二硝基氯苯所緻正常及環磷酰胺所緻免疫抑制小鼠的遲發型過敏反應；增強正常小鼠外周血淋巴細胞ANAE陽性百分率，并明顯對抗氫化可的松所緻的免疫抑制作用；但闆藍根多糖體外實驗對刀豆素A誘導的小鼠脾細胞淋轉反應無明顯增強作用。此外，闆藍根多糖還能明顯增強抗體形成細胞功能，增強小鼠靜脈注射碳粒廓清速率。
抗腫瘤作用。對大鼠W256實體瘤和小鼠Lewis肺癌注射靛玉紅200mg/kg，連續6-7天，結果對大鼠W256實體瘤的抑制率分别為47-50%和50-58%，皮下注射最減少到每日100mg/kg以下時，其抑制作用不明顯。靛玉紅500mg/kg灌胃，對大鼠W256實體瘤的抑制率為23-33%，對小鼠肉瘤180的抑制率約30%。靛玉紅能延長淋巴白血病L7212小鼠的生存時間20%左右。此外，經小鼠精原細胞法試驗證明，靛玉紅不能特異性地抑制B型精原細胞和精子細胞。
對白血病作用。藥理研究初步表明，靛玉紅有破壞白血病細胞的作用。從超微結構形态來看，在靛玉紅作用下，變性壞死的細胞多呈腫脹、溶解性壞死。實驗中發現靛玉紅能增強動物的單核巨噬系統的吞噬能力。單核巨噬系統在機體免疫反應中起一定的作用，故靛玉紅的抗癌作用可能與提高機體免疫能力有關。
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