生物醫學工程專業畢業生的主要就業方向為管理機構和國家機關、醫學機構、國際制藥、保健品企業等。生物醫學工程是一門新興的邊緣學科，它綜合工程學、物理學、生物學和醫學的理論和方法，在各層次上研究人體系統的狀态變化，并運用工程技術手段去控制這類變化。
生物醫學工程主要研究生命科學、電子技術、計算機技術和信息科學等方面的基本知識和技能，包括生物材料、人工器官、生物醫學信号處理方法、醫學成像和圖像處理方法等。
例如：人工心髒、人工關節等人工器官的研發，腦CT機、核磁共振儀等醫療設備的操縱和維護，B超、核磁共振成像的圖像處理等。
生物醫學工程專業畢業生可在管理機構和國家機關，醫學機構(臨床研究、高度專業化的醫學護理，管理) , 在醫療器械的使用、銷售和服務上，研究所，大學(基礎研究，教學)，國際制藥、保健品企業(管理、研究和開發)，私人機構和醫生合作。
生物醫學工程專業畢業生可直接參加高度專業化的醫學護理和解決臨床基礎研究的問題，由他們研制的器械和系統對于疾病的觀察、診斷、治療、緩解起着很重要的作用。
生物醫學工程主要研究生命科學、電子技術、計算機技術和信息科學等方面的基本知識和技能等，是運用現代自然科學和工程技術的原理和方法，從工程學的角度，在多層次上研究人體的結構、功能及其相互關系，揭示其生命現象，為防病、治病提供新的技術手段的一門綜合性、高技術的學科。
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