制藥工程專業就業前景沒有很差，前景也還可以。但是總體來說，醫藥行業，甚至也包含化工行業，生産、研發系統的平均薪資水平較低，在生産崗位優勢可能就不怎麼明顯，因為工作中的内容基本與所學的内容不相關。
制藥工程專業就業前景還可以。
無論是藥品，還是過程技術都需要新型制藥工程師，這類人才掌握最新技術和交叉學科知識、具備制藥過程和産品雙向定位的知識及能力，同時了解密集的工業信息并熟悉全球和本國政策法規。
制藥工程專業的就業面相對來說較窄，畢業生一般集中在制藥廠、醫院等單位從事藥劑師、藥局行政、制藥技術師等工作。
制藥工程專業大學生畢業後可以從事藥品生産/質量管理、藥品研發、事業單位人員、藥房管理/藥劑師、生物工程/生物制藥、公務員(中央國家機關)、公務員(省級機關)、公務員(地市級機關)、公務員(區縣級及以下機關)、醫藥化學分析等職業，對于努力且有能力的學生而言，制藥工程專業未來的就業前景和發展空間都是比較不錯的。
制藥工程專業就業方向：畢業後可制藥工程專業從事一切與藥物有關的工作。研發人員：在藥廠、大學、研究所的研究部門，從事藥物研發工作；生産、技術人員：在藥廠，從事藥品生産、技術工作；質檢化驗人員：在藥廠、食品廠、藥檢所，從事食品藥品質檢化驗工作；
管理人員：在藥廠，從事藥物的.生産技術管理等工作；營銷人員：在藥廠、醫藥營銷公司，從事藥品營銷、内勤等工作；藥劑師：在醫院藥劑科，從事制劑、質檢、臨床藥學等工作；在藥店、醫藥營銷公司，從事藥品使用指導咨詢等工作。
藥檢人員：在藥檢所從事藥物的質量鑒定和制定相應的質量标準；公司職員：在醫藥貿易公司或制藥企業從事藥品流通及國内外貿；藥品監督人員：公務員，在國家、省、市、縣藥品監督局，從事食品藥品質量監督等工作；考研：報考生命科學、生物技術、藥學及相關專業的研究生。
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