1、第一類限制性内切酶能識别專一的核苷酸順序,并在識别點附近的一些核苷酸上切割DNA分子中的雙鍊,但是切割的核苷酸順序沒有專一性,是随機的;
2、第二類限制性内切酶能識别專一的核苷酸順序,并在該順序内的固定位置上切割雙鍊,這類限制性内切酶的識别和切割的核苷酸都是專一的,這種酶的切割可以有兩種方式,一是交錯切割,形成兩條單鍊末端,這種末端的核苷酸順序是互補的,可形成氫鍵,稱為粘性末端,另一種是在同一位置上切割雙鍊,産生平頭末端;
3、第三類限制性内切酶也有專一的識别順序,但不是對稱的回文順序,它在識别順序旁邊幾個核苷酸對的固定位置上切割雙鍊,但這幾個核苷酸對則是任意的,因此,這種限制性内切酶切割後産生的一定長度DNA片段,具有各種單鍊末端。
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