1、首先，就是它違反了熱力學第二定律，即可以使熵減小。但是，我們看到的事實是，熵都是增加的。比如你燃燒煤炭、木頭以後，隻能形成灰燼和霧霾。而灰燼和霧霾顯然是比煤炭和木頭更無序的東西！那麼按照達爾文的進化論，各種物種在進化的過程中，就是依靠變異不斷的将優秀的基因保留下來，最終形成更優秀的物種。比如從古猿到人，就是這樣。
2、最廣為人知的漏洞是都認為人是由猿類進化而來，但是介于“猿類”與“人類”的中間物種時至今日都沒有被發現過，同理，現在所有物種的進化時的中間物種都沒有發現。
3、地球的曆史上曾經出現兩次生物大爆發，一個是“寒武紀生命大爆發”，另一個則是“奧陶紀生命大爆發”，兩次生命大爆發為地球帶來了多姿多彩的生物世界，但是進化論中所論述的是：古猿化石大約在1400萬-800萬年前形成，也是人類的始祖。而古猿之後，約400萬年，沒有任何化石出現，人類進化史突然出現400萬年空白。
4、人類祖先突然從地球上消失了400萬年後，南猿化石突然出現，這标志着人類進化到了類人猿時期。現代的演化論，從分子生物學上可以解釋，從基因上也可以解釋，都可以作為證據。如果說達爾文時代的進化論還隻是作為一種假說的話，那麼現在的演化論就是一整套的科學理論，經得起任何科學性的質疑。
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