1、道爾頓把化學反應中相對不可分和不可轉化的原子,視為絕對不可分割、沒有内部結構的終極粒子,認為作為構造宇宙之磚的終極原子的存在是不可懷疑的;2、道爾頓沒有認識到任何具有确定性質的物質,可以獨立存在的是分子,而不是原子,因此他的關于複雜原子的概念在許多場合下顯得含糊不清;3、無法确定化合物組成的原子比,因此也無法合理地确定元素的原子量,為此道爾頓不得不做了一系列主觀武斷的假設。
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